Являясь южной оборонительной границей Московского княжества, Серпухов часто подвергался нападениям со стороны внешних врагов земли Русской. Под Серпуховом устраивались сборы войск, на которых обычно присутствовали цари, великие князья, бояре и воеводы. Высоцкая обитель нередко посещалась знатью и самим Царем. Для таких случаев в монастыре имелись особые «царские палаты». От именитых лиц «на Высокое» часто поступали крупные денежные вклады, передавалисьвотчины с пашнями и лесами, жертвовались редкие в то время богослужебные книги, сосуды, облачения и проч. В XVI веке в обители были построены Никольский и Сергиевский храмы, придел в честь Рождества Богородицы и галерея вокруг собора. Весной 1571 года татарский хан Девлет-Гирей, обойдя русские оборонительные линии, приблизился к Серпухову. Неподготовленному к сражению Царю Иоанну Грозному, который находился в это время с опричниной в Серпухове, пришлось спешно отойти. Отряды агарян прошли по городу огнем и мечем, истребляя жителей, грабя и оскверняя храмы, разрушая все на своем пути. Монастырь на Высоком, как и вся округа, был разграблен и сожжен.
Вскоре наступило «смутное время» междуцарствия, во время которого Высоцкая обитель вновь претерпела много бедствий от господствующего всюду произвола и грабежей.
С воцарением на Русском Престоле Михаила Федоровича Романова для всей страны настало время благоденствия. В монастырь снова стали поступать вклады от благочестивых людей. Особенно значительными они были в 20 — 40 годы XVII века. Время правления Царей Михаила Федоровича и Алексея Михайловича явилось для древней обители благоприятной порой возрождения. Наиболее щедрые пожертвования поступали от представителей рода Нарышкиных, вотчина которых находилась на серпуховской земле, и особенно от царицы Наталии Кирилловны, матери Императора Петра I. К концу XVII века на средства Нарышкиных и прочих вкладчиков многие храмы и иконостасы обновились. В 70-е годы вместо старой деревянной ограды вокруг монастыря были воздвигнуты каменные стены с четырьмя угловыми башнями.
К середине XVIII века Высоцкий монастырь процветал, в его владении находились значительные земельные угодья, действовало семь каменных церквей и величественный собор, имелись богатейшая ризница и большая библиотека.
Со второй половины XVIII столетия, при введении Императрицей Екатериной II штатов для монастырей, благосостояние обители стало падать. По Указу 1764 года о секуляризации церковных владений монастырь лишился своих вотчин и перешел на государственное содержание по штату и на пожертвования.
С начала XIX века благосостояние обители вновь стало расти: реставрировались старые храмы, строились новые. Поток паломников увеличился. Около 1840 года была сооружена трехъярусная колокольня (взамен старой, рухнувшей от времени), во втором ярусе которой расположился храм во имя трех Святителей и Учителей вселенских Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста.
Освящение этой церкви в 1843 году совершил митрополит Московский Филарет (Дроздов).
В 1872 году была расширена Покровская церковь за счет пристройки с северной стороны придела во имя Похвалы Пресвятой Богородицы, существовавшего ранее при монастырской больнице, здание которой разобрали. Следующая реставрация Покровского храма была осуществлена в 1902 году на средства казначея Свято-Троицкой Сергиевой Лавры архимандрита Никона (Рождественского), являвшегося с 1904 по 1906 годы епископом Серпуховским, впоследствии архиепископом Вологодским.
В 1878 году при настоятеле Мелетии I в память 500-летия обители над местом погребения преподобного Афанасия младшего был воздвигнут величественный храм во имя преподобных Афанасия Афонского и Сергия Радонежского вместо деревянной церкви, построенной в 1697 году на пожертвования бояр Нарышкиных.
В 1896 году на средства фабриканта Н. Н. Коншина по проекту известного русского архитектора Р. И. Клейна был построен в византийском стиле храм во имя Всех Святых с семейной усыпальницей храмоздателя в нижнем этаже. К началу XX века Высоцкий монастырь, по отзывам современников, представлял собой одну из самых благоустроеннейших обителей нашего отечества.
