С наступлением в России эпохи новой богоборческой власти в истории монастыря открылась одна из самых трагических страниц. В ноябре 1918 года обитель заняла 4 рота 5-го Земгальского Латышского стрелкового полка. Около года под древними стенами каратели вели расстрелы заподозренных в дезертирстве. После их ухода часть монастыря отошла под губернский концентрационный лагерь.

Визит Святейшего Патриарха Тихона в Высоцкий монастырь
В эти годы Высоцкая обитель становится как бы зримой линией фронта беспощадной войны темных сатанинских сил против русского православного мироустройства. Но управляемая Божественною благодатью братия монастыря во главе с настоятелем архимандритом Пантелеимоном неотступно продолжала свои молитвенные труды, твердо сохраняя традиционный монашеский уклад жизни и ежедневный церковно-служебный строй. Как награда за терпение стало для братии и прихожан посещение монастыря святейшим Патриархом Тихоном летом 1924 года.

В 1928 году власти закрыли Высоцкий монастырь. Только Покровский храм продолжал действовать в качестве приходской церкви. В 1931 году монастырь полностью прекратил свою деятельность. На его месте в стенах архитектурного ансамбля хозяева новой безбожной жизни организовали типичное для бывших монастырей использование. В течение полувека в разные периоды здесь размещались организации и учреждения, казармы, склады, гаражи, коммунальные квартиры и загоны для домашнего скота. В это же время было разрушено три башни и большая часть стен. Монастырский комплекс стремительно ветшал, и в нем были начаты реставрационные работы, в ходе которых в 1967 году был снесен «как не имеющий исторической и культурной ценности» прекрасный храм в честь преподобных Афанасия Афонского и Сергия Радонежского (в настоящее время на его месте выстроено крытое крыльцо в древнерусском стиле с маковкой и крестом).

25 марта 1991 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение об открытии и возрождении Серпуховского Высоцкого мужского монастыря. Настоятелем был поставлен архимандрит Иосиф (Балабанов). Торжественное открытие монастыря совершилось в среду Светлой Седмицы 1991 года, на День памяти преподобного Афанасия младшего. Первые службы проходили в маленькой надвратной церкви во имя Трех святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста. С этого времени возобновилась молитвенная и трудовая жизнь Высоцкого монастыря, его внешнее и внутреннее духовное созидание.

В 1991 году единственной церковью, которую возможно было приготовить к зиме для совершения богослужений, оказался Никольский храм. Основанный в XVI веке он служил для совершения заупокойных богослужений по ктиторам обители. В годы советской власти в храме располагалась пилорама, и он был совершенно обезображен.

11 августа 1991 года в день Рождества святителя и чудотворца Николая после проведения необходимых работ состоялось великое освящение. В настоящее время по воскресным дням в храме служатся молебны.

В 1992 году началась кропотливая работа по восстановлению Покровского храма, пришедшего к этому времени в аварийное состояние. 9 июля 1993 года было совершено освящение придела в честь Похвалы Пресвятой Богородицы, а 8 сентября 1994 года главного престола в честь Покрова Пресвятой Богородицы. В этом же году 24 сентября состоялось обретение святых мощей преподобного Афанасия Высоцкого младшего.

Визит Святейшего Патриарха Алексия II в Высоцкий монастырь
25 сентября 1995 года, в день 600-летия со дня преставления преподобного Афанасия Высоцкого младшего, монастырь посетил Святейший Патриарх Алексий II.

В начале 1996 года открылись восстановительные работы в Сергиевском храме, а уже 6 сентября того же года в день празднования явления Божией Матери преподобному Сергию состоялось освящение этого маленького и необычайно радостного храма. В 1998 году во вновь отреставрированном корпусе была освящена домовая церковь в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница». С 2001 года начались восстановительные работы в храме во имя «Всех святых». В послереволюционное время могилы в его усыпальнице были вскрыты, разграблены и осквернены, некогда красивейший храм превратился в развалины. И еще в двух храмах в настоящее время ведутся реставрационные работы. Оба они расположены в северной части Зачатьевского собора: в конце верхней галереи — придельная церковь Рождества Богородицы и внизу, под ней, маленький храм во имя преподобного Афанасия Афонского.

28 июля 2005 года в связи с празднованием 625-летия Куликовской битвы в день памяти Серпуховского князя Владимира Андреевича Храброго, одного из героев Куликовской битвы, командовавшего Засадным полком, который решил победоносный исход этого великого сражения, Высоцкий монастырь посетил Святейший Патриарх Алексий II.

У Зачатьевского собора на монастырской площади по воинам, павшим на Куликовом поле, была отслужена панихида, а в подклете собора Святейший Патриарх Алексий II возжег неугасимую лампаду.

Освящение знамени военно-патриотического клуба им. кн. Владимира Храброго Также Святейшим Патриархом было освящено знамя основанного при Высоцком монастыре военно-патриотического клуба, который носит имя Серпуховского князя Владимира Андреевича.

Заступничеством Пречистой Богородицы и по молитвам преподобного Афанасия обреченная богоборцами XX столетия на полное разорение обитель на Высоком возвращается к прежнему благолепию. Жизнь монастыря многогранна, но главная ее цель — спасение души и духовная помощь нуждающимся. В монастыре ежедневно совершается полный круг богослужения с обязательным по окончании литургии водосвятным молебном перед чудотворным образом Божией Матери «Неупиваемая Чаша». Немногочисленная братия монастыря, управляемая с 1998 года настоятелем игуменом Кириллом (Костиковым), несет нелегкий молитвенный труд, участвует в реставрационных работах, заботится о чистоте и благолепии монастыря и его храмов, ведет хозяйство обители, принимает паломников.

Молитвенная лампада, вознесенная «на Высоком» в XIV веке святыми руками Преподобного Сергия, продолжает наполнять мир светом православной веры.